一种莲藕多糖二元指纹图谱的构建方法，其特征在于，包括如下步骤：1)取莲藕洗净后切分为藕段和藕节，藕段刨取皮部得藕皮和食用部位，藕节切除须根，将藕皮、食用部位和藕节三个供试部位分别粉碎至5～20目，待用；2)将步骤1)中粉碎的藕皮、食用部位和藕节三个供试部位分别进行多糖提取处理，分别得到相应的三份莲藕多糖样品；3)以步骤2)得到的三份莲藕多糖样品为测试对象，分别进行FTIR检测和HPLC检测，得到藕皮、食用部位和藕节三个供试部位相应的多糖红外图谱和多糖高效液相色谱图；4)多次重复步骤1)、2)和3)分别得到多个不同品种莲藕的藕皮、食用部位和藕节三个供试部位的多糖红外图谱和多糖高效液相色谱图，以所有多糖红外图谱的平均向量构建得莲藕多糖红外标准指纹图谱，以所有多糖高效液相色谱图的平均向量构建得莲藕多糖高效液相色谱标准指纹图谱，则构建出所述的莲藕多糖二元指纹图谱。
