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羊肚菌转录因子分类和生物信息学分析

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成果类型:
期刊论文
作者:
任瑞芳;张绍鹏;蒋鹏;张瑞;张祚;...
作者机构:
[张祚; 史梦华; 蒋鹏; 张瑞; 任瑞芳; 郑涵予] 武汉轻工大学生命科学与技术学院
[张绍鹏] 武汉轻工大学硒科学与工程现代产业学院
[马晓龙] 武汉市农业科学院蔬菜研究所
语种:
中文
关键词:
羊肚菌;转录因子;锌指蛋白;生物信息学
关键词(英文):
Morchella;transcription factors;Zinc finger protein;bioinformatics
期刊:
食药用菌
ISSN:
2095-0934
年:
2022
卷:
30
期:
02
页码:
127-132
基金类别:
武汉市应用基础前沿专项(2020020601012297); 财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系(CARS-20);
机构署名:
本校为第一机构
院系归属:
生命科学与技术学院
硒科学与工程现代产业学院
摘要:
首次根据Genbank中已知的7237条羊肚菌序列,对所有编码转录因子的序列进行了功能分类,并重点对羊肚菌中的锌指蛋白(ZFP)编码序列进行了生物信息学分析。结果表明,Genbank中所有7237条羊肚菌来源的核苷酸序列,有167条是编码转录因子的序列,其中88条序列编码了锌指蛋白。这些序列都含有相应的保守基序,编码蛋白质的二级结构以α-螺旋为主,三级结构极为相似,功能上以亲水性蛋白为主。
摘要(英文):
In this study,all sequences encoding transcription factors were functionally classified according to 7237 Morchella sequences known in Genbank for the first time,and the coding sequence of zinc finger protein(ZNF)from Morchella was analyzed by bioinformatics.The results showed that 167 of the 7237 nucleotide sequences from Morchella in GenBank were sequences encoding transcription factors,of which 88 sequences encoded zinc finger proteins,these sequences contain corresponding conserved motifs.Encoding the secondary structure of proteins is main...

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